陈珂

陈珂，中国科学技术大学苏州高等研究院特任副研究员，2019年于南京大学物理学院获得物理学博士学位，主要从事生物大分子复杂体系的精细相互作用研究及生物大分子的结构预测和设计研究。2022年CASP15 结构预测比赛RNA组第一名 AIChemy-RNA2 队伍核心成员。

工作经历

2023/04-至今，       中国科大苏州高等研究院，                    特任副研究员

2022/07-2023/03，上海智峪生物科技有限公司，                 高级研究员

2020/06-2022/06，深圳湾实验室和北京大学深圳研究生院，博士后

电子邮箱

klarkchen@ustc.edu.cn

主要科研项目

1.      RNA三维结构建模和设计工具开发

2.      针对新型冠状病毒木瓜样蛋白酶（PLpro）的应急药物筛选研究

获奖及荣誉情况

1.      2022年CASP15 RNA组第一名

主要学术论文

1. Chen, K., Zhou, Y., Wang, S. & Xiong, P. RNA tertiary structure modeling with BRiQ potential in CASP15. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 91, 1771–1778 (2023).

2.  Chen, K., Litfin, T., Singh, J., Zhan, J. & Zhou, Y. MARS and RNAcmap3: The Master Database of All Possible RNA Sequences Integrated with RNAcmap for RNA Homology Search. Genomics, Proteomics & Bioinformatics qzae018 (2024).

3. Zhang, Y., Lang, M., Jiang, J., Gao, Z., Xu, F., Litfin, T., Chen, K., Singh, J., Huang, X., Song, G., Tian, Y., Zhan, J., Chen, J. & Zhou, Y. Multiple sequence alignment-based RNA language model and its application to structural inference. Nucleic Acids Research gkad1031 (2023).

4.  Xu, Y., Chen, K., Pan, J., Lei, Y., Zhang, D., Fang, L., Tang, J., Chen, X., Ma, Y., Zheng, Y., Zhang, B., Zhou, Y., Zhan, J. & Xu, W. Repurposing clinically approved drugs for COVID-19 treatment targeting SARS-CoV-2 papain-like protease. International Journal of Biological Macromolecules 188, 137–146 (2021).

5.  Chen, X., Chen, K., Zhang, Z., Wei, P., Zhang, L., Xu, Y., Lun, Q., Ma, Y., Wu, F., Zhang, Y., Wang, Y., Zhao, J., Zhou, Y., Zhan, J. & Xu, W. Investigating Derivatives of Tanshinone IIA Sulfonate Sodium and Chloroxine for Their Inhibition Activities against the SARS-CoV-2 Papain-like Protease. ACS Omega 7, 48416–48426 (2022).

6. Chen, K., Sheng, Y., Wang, J. & Wang, W. Chirality-Dependent Adsorption between Amphipathic Peptide and POPC Membrane. International Journal of Molecular Sciences 20, 4760 (2019).

7. Chen, K., Li, W., Wang, J. & Wang, W. Binding of Copper Ions with Octapeptide Region in Prion Protein: Simulations with Charge Transfer Model. J. Phys. Chem. B 123, 5216–5228 (2019).